13. – 15. června 2016

Program

Počet registrovaných účastníků: 110. Počet přednášek: 29. Počet posterů: 42.
Seznam registrovaných účastníků
Seznam posterů

pondělí, 13. červen

Registrace a ubytování, 10:00-11:30

Oběd, 11:30-12:45

Přivítání
12:45 Úvodní slovo
Daniel Svozil, VŠCHT Praha a CZ-OPENSCREEN

Sekvence - nukleové kyseliny

Chairman: Jan Pačes, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha

13:00 Metódy pre spracovanie sekvenačných dát z moderných sekvenátorov
Tomáš Vinař, Univerzita Komenského v Bratislave, Bratislava
přílohy: abstrakt , prezentace
13:40 Charakterizace satelitních sekvencí z NGS dat
Petr Novák, Biologické Centrum AV ČR, v. v. i., České Budějovice
přílohy: abstrakt , prezentace
14:00 Role retrotransposonů při expanzích genových rodin v genomu člověka a myši
Václav Janoušek, Katedra zoologie, Přírodovědecká fakulta UK v Praze, Praha 2
přílohy: abstrakt

Coffee break, 14:20-15:20

Sekvence - nukleové kyseliny

Chairman: Jan Pačes, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha

15:20 PredictSNP2: Konsenzuální prediktor vlivu nukleotidových mutací na rozvoj monogenních chorob
Jaroslav Bendl, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
15:40 Rychlá deterministická vizualizace shotgun metagenomických dat
Karel Sedlář, Vysoké učení technické v Brně, FEKT, Brno
přílohy: abstrakt , prezentace

ELIXIR CZ
16:00 Veřejné zasedání Výboru ELIXIR CZ
Jiří Vondrášek
17:00 Software Development for Life Sciences (SD4LS)
Robert Pergl
SD4LS je pracovní skupina v rámci infrastruktury ELIXIR, která byla ustanovena s cílem zlepšení kvality a udržitelnosti vývoje software pro oblast Life Sciences. V rámci tohoto přípěvku budou představeny oblasti "good practices" vývoje software, tvorby metrik a nástrojů pro hodnocení kvality software a vytvoření vodítek pro Life Sciences open-source software.
přílohy: abstrakt , prezentace

Prohlídka zámku, 18:00

Prohlídka zámku trvá 60 minut. Budeme rozděleni do tří skupin, první vyrazí na prohlídku v 18:00, další pak budou následovat v desetiminutových intervalech.

Grilování, 19:00 - donevidim

úterý, 14. červen

Metody

Chairman: Tomáš Vinař, Univerzita Komenského v Bratislave, Bratislava

09:00 Sémantická dvojshluková analýza dat genové exprese
František Malinka, České vysoké učení technické v Praze, Praha
přílohy: abstrakt , prezentace
09:40 Hammock: nástroj pro shlukování velkého množství krátkých peptidových sekvencí
Adam Krejčí, Regionální centrum aplikované molekulární onkologie, Masarykův onkologický ústav, Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
10:00 CeCe - simulátor mezibuněčné komunikace v dynamickém prostředí
Jiří Fatka, Západočeká univerzita v Plzni, Plzeň
přílohy: abstrakt , prezentace

Coffee break, 10:20-11:20

Metody

Chairman: Tomáš Vinař, Univerzita Komenského v Bratislave, Bratislava

11:20 Virtuální paralelní infrastruktury pro velká data v metabolomice
Jan Fesl, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Přírodovědecká fakulta, Ústav aplikované informatiky, České Budějovice
přílohy: abstrakt , prezentace
11:40 Chameleon 2: algoritmus pro hierarchické shlukování dat
Tomáš Bartoň, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Praha 4
přílohy: abstrakt , prezentace

Chemoinformatika

Chairman: Radka Svobodová Vařeková, CEITEC, Masarykova univerzita, Brno

12:00 Predikce toxicity nanočástic
Michael Anděl, Ústav experimentální medicíny AV ČR, Praha
přílohy: abstrakt , prezentace
12:20 Léčiva na biologických membránách pohledem výpočetní chemie
Karel Berka, Univerzita Palackého v Olomouci, Olomouc
přílohy: abstrakt , prezentace

Oběd, 12:40-14:00

Chemoinformatika

Chairman: Radka Svobodová Vařeková, CEITEC, Masarykova univerzita, Brno

14:00 QSAR modelování jako nástroj pro zkoumání chemogenomického prostoru
Ctibor Škuta, CZ-OPENSCREEN, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Praha 4
přílohy: abstrakt , prezentace
14:20 Jak najít jehlu v kupce sena aneb orientace v dnešních databázích
Ondřej Svoboda, ChemAxon s.r.o., Praha
přílohy: abstrakt , prezentace
14:40 Pokročilé dotazování jazykem SPARQL v databázích malých molekul
Jakub Galgonek, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i., Praha 6
přílohy: abstrakt , prezentace
15:00 Vývoj nového farmakoforového modelu
Václav Mareška, VŠCHT Praha, Praha 6
přílohy: abstrakt , prezentace
15:20 Využití nábojových deskriptorů v chemoinformatice
Stanislav Geidl, Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno
přílohy: abstrakt

Coffee break, 15:40-16:40

Struktury

Chairman: Jiří Damborský, ICRC a Loschmidtovy laboratoře, Masarykova univerzita, Brno

16:40 Suboptimální struktury hledají optimální RNA
Josef Pánek, MBÚ AV ČR, Praha
přílohy: abstrakt , prezentace
17:00 Homologní predikce terciární struktury RNA
David Hoksza, Univerzita Karlova, Praha
přílohy: abstrakt , prezentace
17:20 Lokální konformery DNA a jejich automatické přiřazování
Paulína Božíková, Biotechnologický ústav, AV ČR, Vestec
přílohy: abstrakt , prezentace
17:40 Detekce biomolekulárních substruktur pomocí PatternQuery
Lukáš Pravda, Masarykova univerzita - Přírodovědecká fakulta, Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
18:00 Výskyt sekundárních struktur v sekvenčním prostoru proteinů
Vjačeslav Treťjačenko, Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze, Praha
přílohy: abstrakt , prezentace
18:20 HotSpot Wizard 2.0: Automatický návrh aminokyselinových mutací a chytrých knihoven pro proteinové inženýrství
Jan Štourač, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, Brno
přílohy: abstrakt , prezentace

Poster session, 19:00 - donevidim

Tři nejlepší postery budou po zásluze odměněny. Poster session je sponzorována Národní infrastrukturou chemické biologie CZ-OPENSCREEN.

Seznam posterů

19:00 Postery telegraficky

Autoři vybraných 20 posterů představí svá díla v krátké prezentaci o délce 3 minut. Na případné otázky pak odpoví v rámci následné poster session.
20:00 Raut

středa, 15. červen

Aplikace

Chairman: Jiří Macas, Biologické centrum AV ČR, České Budějovice

09:00 Efektivní stabilizace proteinů a identifikace nových substrátů pro biotechnologie:hybridní experimentální a výpočetní přístupy
Jan Brezovský, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně , Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
09:40 Aktivace genu NKD1 je známkou aberantní signalizace Wnt dráhy v nádorech epitelu: bioinformatická analýza velkých veřejně dostupných datasetů
Michal Kolář, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha 4
přílohy: abstrakt , prezentace
10:00 Identifikace a lokalizace mutací v repetitivní oblasti genu MUC1
Anna Přistoupilová, Univerzita Karlova v Praze, 1. lékařská fakulta, Praha 2
přílohy: abstrakt
10:20 Evoluční a speciační genomika na modelu dvou druhů slavíků
Radka Reifová, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze, Praha 2
přílohy: abstrakt , prezentace

Coffee break, 10:40-11:40

Struktury

Chairman: Jiří Damborský, ICRC a Loschmidtovy laboratoře, Brno

11:40 Extrakce biologicky relevantních informací ze 3D struktur biomakromolekul
Radka Svobodová Vařeková, Masarykova Univerzita CEITEC - Středoevropský technologický institut, Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
12:00 Altruistická metadynamika
Petr Hošek, VŠCHT Praha, Praha
přílohy: abstrakt , prezentace

Zakončení
12:20 Vyhlášení vítězů o nejlepší postery
Michal Kolář, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha

Závěrečné slovo
Daniel Svozil, VŠCHT Praha a CZ-OPENSCREEN

Oběd, 12:30