13. – 15. června 2016
Program
Počet registrovaných účastníků: 110, Počet přednášek: 29, Počet posterů: 42
pondělí, 13. červen
| Registrace a ubytování, 10:00-11:30 |
| Přivítání |
| 12:45 |
Úvodní slovo
Daniel Svozil, VŠCHT Praha a CZ-OPENSCREEN
|
|
| Sekvence - nukleové kyseliny |
Chairman: Jan Pačes, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha |
| 13:00 |
Metódy pre spracovanie sekvenačných dát z moderných sekvenátorov
Tomáš Vinař, Univerzita Komenského v Bratislave, Bratislava
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 13:40 |
Charakterizace satelitních sekvencí z NGS dat
Petr Novák, Biologické Centrum AV ČR, v. v. i., České Budějovice
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 14:00 |
Role retrotransposonů při expanzích genových rodin v genomu člověka a myši
Václav Janoušek, Katedra zoologie, Přírodovědecká fakulta UK v Praze, Praha 2
přílohy:
abstrakt
|
|
| Coffee break, 14:20-15:20 |
| Sekvence - nukleové kyseliny |
Chairman: Jan Pačes, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha |
| 15:20 |
PredictSNP2: Konsenzuální prediktor vlivu nukleotidových mutací na rozvoj monogenních chorob
Jaroslav Bendl, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, Brno
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 15:40 |
Rychlá deterministická vizualizace shotgun metagenomických dat
Karel Sedlář, Vysoké učení technické v Brně, FEKT, Brno
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
|
| ELIXIR CZ |
| 16:00 |
Veřejné zasedání Výboru ELIXIR CZ
Jiří Vondrášek
|
| 17:00 |
Software Development for Life Sciences (SD4LS)
Robert Pergl
SD4LS je pracovní skupina v rámci infrastruktury ELIXIR, která byla ustanovena s cílem zlepšení kvality a udržitelnosti vývoje software pro oblast Life Sciences. V rámci tohoto přípěvku budou představeny oblasti "good practices" vývoje software, tvorby metrik a nástrojů pro hodnocení kvality software a vytvoření vodítek pro Life Sciences open-source software.
přílohy: abstrakt , prezentace
|
|
| Prohlídka zámku, 18:00 |
Prohlídka zámku trvá 60 minut. Budeme rozděleni do tří skupin, první vyrazí na prohlídku v 18:00, další pak budou následovat v desetiminutových intervalech. |
| Grilování, 19:00 - donevidim |
úterý, 14. červen
| Metody |
Chairman: Tomáš Vinař, Univerzita Komenského v Bratislave, Bratislava |
| 09:00 |
Sémantická dvojshluková analýza dat genové exprese
František Malinka, České vysoké učení technické v Praze, Praha
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 09:40 |
Hammock: nástroj pro shlukování velkého množství krátkých peptidových sekvencí
Adam Krejčí, Regionální centrum aplikované molekulární onkologie, Masarykův onkologický ústav, Brno
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 10:00 |
CeCe - simulátor mezibuněčné komunikace v dynamickém prostředí
Jiří Fatka, Západočeká univerzita v Plzni, Plzeň
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
|
| Coffee break, 10:20-11:20 |
| Metody |
Chairman: Tomáš Vinař, Univerzita Komenského v Bratislave, Bratislava |
| 11:20 |
Virtuální paralelní infrastruktury pro velká data v metabolomice
Jan Fesl, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Přírodovědecká fakulta, Ústav aplikované informatiky, České Budějovice
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 11:40 |
Chameleon 2: algoritmus pro hierarchické shlukování dat
Tomáš Bartoň, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Praha 4
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
|
| Chemoinformatika |
Chairman: Radka Svobodová Vařeková, CEITEC, Masarykova univerzita, Brno |
| 12:00 |
Predikce toxicity nanočástic
Michael Anděl, Ústav experimentální medicíny AV ČR, Praha
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 12:20 |
Léčiva na biologických membránách pohledem výpočetní chemie
Karel Berka, Univerzita Palackého v Olomouci, Olomouc
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
|
| Chemoinformatika |
Chairman: Radka Svobodová Vařeková, CEITEC, Masarykova univerzita, Brno |
| 14:00 |
QSAR modelování jako nástroj pro zkoumání chemogenomického prostoru
Ctibor Škuta, CZ-OPENSCREEN, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Praha 4
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 14:20 |
Jak najít jehlu v kupce sena aneb orientace v dnešních databázích
Ondřej Svoboda, ChemAxon s.r.o., Praha
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 14:40 |
Pokročilé dotazování jazykem SPARQL v databázích malých molekul
Jakub Galgonek, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i., Praha 6
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 15:00 |
Vývoj nového farmakoforového modelu
Václav Mareška, VŠCHT Praha, Praha 6
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 15:20 |
Využití nábojových deskriptorů v chemoinformatice
Stanislav Geidl, Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno
přílohy:
abstrakt
|
|
| Coffee break, 15:40-16:40 |
| Struktury |
Chairman: Jiří Damborský, ICRC a Loschmidtovy laboratoře, Masarykova univerzita, Brno |
| 16:40 |
Suboptimální struktury hledají optimální RNA
Josef Pánek, MBÚ AV ČR, Praha
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 17:00 |
Homologní predikce terciární struktury RNA
David Hoksza, Univerzita Karlova, Praha
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 17:20 |
Lokální konformery DNA a jejich automatické přiřazování
Paulína Božíková, Biotechnologický ústav, AV ČR, Vestec
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 17:40 |
Detekce biomolekulárních substruktur pomocí PatternQuery
Lukáš Pravda, Masarykova univerzita - Přírodovědecká fakulta, Brno
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 18:00 |
Výskyt sekundárních struktur v sekvenčním prostoru proteinů
Vjačeslav Treťjačenko, Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze, Praha
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 18:20 |
HotSpot Wizard 2.0: Automatický návrh aminokyselinových mutací a chytrých knihoven pro proteinové inženýrství
Jan Štourač, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, Brno
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
|
| Poster session, 19:00 - donevidim |
Tři nejlepší postery budou po zásluze odměněny. Poster session je sponzorována Národní infrastrukturou chemické biologie CZ-OPENSCREEN.
Seznam posterů |
| 19:00 |
Postery telegraficky
Autoři vybraných 20 posterů představí svá díla v krátké prezentaci o délce 3 minut. Na případné otázky pak odpoví v rámci následné poster session.
|
| 20:00 |
Raut
|
|
středa, 15. červen
| Aplikace |
Chairman: Jiří Macas, Biologické centrum AV ČR, České Budějovice |
| 09:00 |
Efektivní stabilizace proteinů a identifikace nových substrátů pro biotechnologie:hybridní experimentální a výpočetní přístupy
Jan Brezovský, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně , Brno
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 09:40 |
Aktivace genu NKD1 je známkou aberantní signalizace Wnt dráhy v nádorech epitelu: bioinformatická analýza velkých veřejně dostupných datasetů
Michal Kolář, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha 4
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 10:00 |
Identifikace a lokalizace mutací v repetitivní oblasti genu MUC1
Anna Přistoupilová, Univerzita Karlova v Praze, 1. lékařská fakulta, Praha 2
přílohy:
abstrakt
|
| 10:20 |
Evoluční a speciační genomika na modelu dvou druhů slavíků
Radka Reifová, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze, Praha 2
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
|
| Coffee break, 10:40-11:40 |
| Struktury |
Chairman: Jiří Damborský, ICRC a Loschmidtovy laboratoře, Brno |
| 11:40 |
Extrakce biologicky relevantních informací ze 3D struktur biomakromolekul
Radka Svobodová Vařeková, Masarykova Univerzita CEITEC - Středoevropský technologický institut, Brno
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
| 12:00 |
Altruistická metadynamika
Petr Hošek, VŠCHT Praha, Praha
přílohy:
abstrakt,
prezentace
|
|
| Zakončení |
| 12:20 |
Vyhlášení vítězů o nejlepší postery
Michal Kolář, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha
Závěrečné slovo
Daniel Svozil, VŠCHT Praha a CZ-OPENSCREEN
|
|
