11. – 14. června 2012

Program

Počet registrovaných účastníků: 65. Počet přednášek: 50. Počet posterů: 14.
Seznam registrovaných účastníků

pondělí, 11. červen

Registrace

14:00-19:00

Přivítání
16:45 Úvodní slovo - Daniel Svozil, VŠCHT v Praze, Praha

Mírně vzdělávací přednášky.

Chairman: Ondřej Uhlík, VŠCHT v Praze, Praha

17:00 Co je chemoinformatika?
Daniel Svozil, VŠCHT v Praze, Praha
17:20 ChemGenDB – integrovaná platforma pro sběr a analýzu chemických sloučenin a HTS dat
Jindřich Jindřich, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha
17:40 Snížení dimenze molekulární struktury
Vojtěch Spiwok, VŠCHT v Praze, Praha
18:10 Konec přednáškového bloku

Večeře - 19:00

Servírovaná v hotelové restauraci.

úterý, 12. červen

Bio a chemoinformatická infrastruktura v České republice a její zapojení do evropského prostoru.

Chairman: Petr Bartůněk, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha

09:00 CZ-OPENSCREEN: Národní infrastruktura chemické biologie
Petr Bartůněk, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha
09:20 Evropská bioinformatická infrastruktura ELIXIR
Jiří Vohradský, Mikrobiologický ústav AV ČR, Praha
09:40 CZ_ELIXIR – infrastruktura pro biologická data v ČR, současný stav a perspektiva.
Jiří Vondrášek, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, Praha
10:00 FOBIA
Jan Pačes, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha
10:20 Coffee break
10:50 IT4Innovations
Václav Snášel, VŠB-Technická universita Ostrava, Ostrava
11:10 ESFRI-ISBE: Infrastruktura pro systémovou biologii v Evropě
Rudiger Ettrich, Ústav nanobiologie a strukturní biologie AV ČR, Nové Hrady
11:30 Instruct – evropská infrastruktura pro integrativní strukturní biologii
Jan Dohnálek, Ústav makromolekulární chemie AV ČR, Praha
11:50 CEITEC a jeho bioinformatická infrastruktura
Radka Svobodová Vařeková, CEITEC MU - Středoevropský technologický institut, Brno

Oběd - 12:10

Servírovaný v hotelové restauraci.

Představení vědeckých skupin

Chairman: Bohdan Schneider, Ústav biotechnologie AV ČR, Praha

14:00 Chemoinformatický tým, CEITEC MU
Radka Svobodová Vařeková, CEITEC MU - Středoevropský technologický institut, Brno
14:20 Bioinformatika na KSI MFF UK
David Hoksza, MFF UK, Praha
14:40 Laboratoř molekulárního rozpoznávání na Biotechnologickém ústavu AV ČR
Bohdan Schneider, Ústav biotechnologie AV ČR, Praha
15:00 Bioinformatický a chemoinformatický výzkum v Loschmidtových laboratořích
Jan Brezovský, Masarykova univerzita, Přirodovědecká fakulta, Brno
15:20 Oddělení struktury a funkce proteinů Ústavu nanobiologie a strukturní biologie na Nových Hradech
Rudiger Ettrich, Ústav nanobiologie a strukturní biologie AV ČR, Nové Hrady
15:40 Coffee break
16:10 Pražský stringologický klub a bioinformatika
Jan Holub, ČVUT FIT, Praha
16:30 Buněčný osud a informatika
Petr Bartůněk, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha
16:50 Skupina genomiky a bioinformatiky na ÚMG
Jan Pačes, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha
17:10 Výzkumná skupina bioinformatiky ve spolupráci FI MU a FIT VUT v Brně
Tomáš Martínek, Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií, Brno
17:30 Strukturní bioinformatika na katedře fyzikální chemie UP v Olomouci
Karel Berka, Katedra fyzikální chemie, Univerzita Palackého v Olomouci, Olomouc
17:50 IT4 Knowledge management
Václav Snášel, VŠB-Technická universita Ostrava, Ostrava
18:10 Konec přednáškového bloku

Poster session - 19:00

Cena pro nejlepší poster je věnována Středoevropským technologickým institutem Ceitec.


Poster session bude oživena obloženými mísami, pivem a vínem.

seznam příspěvků

středa, 13. červen

Studium bioinformatiky a chemoinformatiky na českých vysokých školách.

Chairman: Eva Chovancová, Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, Brno

09:00 Projekt BIOMEDREG a EATRIS jako infrastruktura pro molekulární a translační medicínu
Marián Hajdúch, Ústav molekulární a translační medicíny LF UP a FN Olomouc, Olomouc
09:20 Bakalářský a magisterský obor na VŠCHT v Praze kombinující přírodovědné a informatické vzdělání.
Daniel Svozil, VŠCHT v Praze, Praha
09:40 Chemoinformatika a bioinformatika - bakalářský studijní obor MU
Radka Svobodová Vařeková, CEITEC MU - Středoevropský technologický institut, Brno
10:00 Výuka bioinformatiky pro studenty biologických oborů na Masarykově univerzitě
Eva Chovancová, Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, Brno
10:20 Coffee break
10:50 Studium bioinformatiky a systémové biologie na FI MU
Matej Lexa, Masarykova Univerzita, Fakulta informatiky, Brno
11:10 Obor Bioinformatika a biocomputing na FIT VUT v Brně
Tomáš Martínek, Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií, Brno
11:30 Výuka bioinformatických předmětů na Ústavu biomedicínského inženýrství VUT v Brně
Helena Škutková, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, VUT Brno, Brno
11:50 Bioinformatika v praxi – výuka předmětu na pomezí informatických a biologických věd
Josef Houser, CEITEC MU - Středoevropský technologický institut, Brno

Oběd - 12:10

Servírovaný v hotelové restauraci.

Prezentace vědeckých projektů.

Chairman: Jan Holub, Fakulta informačních technologií, ČVUT, Praha

14:00 Cytochromy P450 - metabolismus léčiv z pohledu strukturní bioinformatiky
Karel Berka, Katedra fyzikální chemie, Univerzita Palackého v Olomouci, Olomouc
14:20 Bioinformatika a analýza dat v biomedicínském výzkumu - přehled projektů a zkušeností v rámci projektu BIOMEDREG
Lenka Radová, Ústav molekulární a translační medicíny LF UP a FN Olomouc, Olomouc
14:40 Netradiční výpočetní metody v problémech interdisciplinární informatiky
Ivan Zelinka, VŠB-TU Ostrava, Ostrava
15:00 Instant JChem
Petr Hamerník, ChemAxon, s.r.o., Praha
15:20 Molpher – algoritmus pro exploraci chemického prostoru
David Hoksza, MFF UK, Praha
15:40 Coffee break
16:10 Predikce pKa pro nově navržené molekuly léků
Stanislav Geidl, CEITEC MU - Středoevropský technologický institut, Brno
16:30 Portál chemické biologie a medicinální chemie a (chemo)informatický model zpracování dat v uHTS/HCA platformě.
Petr Džubák, Ústav molekulární a translační medicíny, Lékařská fakulta UP v Olomouci, Olomouc
16:50 GraphAlignment: Bayesovské párové porovnávání biologických sítí
Michal Kolář, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha
17:10 Tyrosinová fosforylace v SH3 doménách – pozice, funkce a evoluce
Marian Novotný, PřF UK, Praha
17:30 Podobnostní vyhledávání v databázích proteinových struktur
Jakub Galgonek, MFF UK, Praha
17:50 Populační historie virů způsobující vzteklinu
Jiří Moravec, Institut biostatistiky a analýz Lékařské a Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity, Brno
18:10 Konec přednáškového bloku

Grilování - 19:00

Na zahradě před hotelem se bude grilovat krůta a jiné pochutiny. K jídlu se bude podávat jak víno, tak především pivo. Z piv je pro vás nachystáno: Žatec světlý 12°, Černá Hora Granát Tmavé 12°, Primátor pšeničné, Kocour višňový ležák 12° a Kocour V3 Rauchbier 14°.

čtvrtek, 14. červen

Prezentace vědeckých projektů.

Chairman: Michal Kolář, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha

09:00 Bioinformatická analýza struktur rozhraní interagujících proteinů a DNA
Bohdan Schneider, Ústav biotechnologie AV ČR, Praha
09:20 Nástroje společnosti Elsevier pro chemoinformatiku a bioinformatiku
Jiří Jirát, VŠCHT v Praze, Praha
09:40 Diverzita genů bphA v kontaminované zemině a zahradnickém substrátu.
Michal Strejček, VŠCHT v Praze, Praha
10:00 Evoluční historie organismů na základě divergence DNA sekvencí
Natália Martínková, Ústav biologie obratlovců AV ČR, Brno
10:20 Coffee break
10:50 Bakteriální inženýrství, aneb umějí bakterie počítat?
Petr Sosík, Slezská univerzita v Opavě, Opava
11:10 Přístupy k predikci interakce proteinů a DNA pomocí strojového učení
Andrea Szaboová, ČVUT v Praze, Praha
11:30 SiteBinder – softwarový nástroj pro porovnávání velkého počtu strukturních motivů proteinů
David Sehnal, CEITEC MU - Středoevropský technologický institut, Brno
11:50 Využití bioinformatických nástrojů pro studium vlivu přírodních látek na složení bakteriálních společenstev v zemině kontaminované polychlorovanými bifenyly
Lucie Musilová, VŠCHT v Praze, Praha

Oběd - 12:10

Servírovaný v hotelové restauraci.