9. – 11. června 2014

Program

Počet registrovaných účastníků: 85. Počet přednášek: 36. Počet posterů: 29.
Seznam registrovaných účastníků
Seznam posterů

pondělí, 9. červen

Registrace a ubytování, 10:00 - 12:30

Oběd, 12:30 - 13:45

Pórková polévka s vejcem
1. Babiččina sekaná, bramborová kaše
2. Špagety s vepřovým masem, tomatovou omáčkou a sýrem
3. Zapečená brokolice ve vinnosmetanové omáčce s mozarellou

Přivítání
13:45 Úvodní slovo
Daniel Svozil, VŠCHT Praha a CZ-OPENSCREEN

Dobrej hardvér. A co softvér?

Chairman: Jan Pačes, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha

14:00 Rozvoj Bioinformatiky v prostředí IT4Innovations národního superpočítačového centra
Branislav Jansík, IT4Innovations, Ostrava
přílohy: abstrakt , prezentace
14:20 OMICS – High Performace Computing řešení pro genomiku
Tomáš Hlavsa, BULL s.r.o., Praha 2
přílohy: abstrakt , prezentace
14:40 ChemAxon – chem a bioinformatický software pro Váš výzkum
Petr Hamerník, ChemAxon s.r.o., Praha 2
přílohy: abstrakt , prezentace
15:00 Biowes - řešení pro správu a sdílení experimentálních dat a metadat
Petr Císař, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Nové Hrady
přílohy: abstrakt , prezentace

Coffee break, 15:20 - 16:20

Sekvence - nukleové kyseliny

Chairman: Hynek Strnad, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha

16:20 Zpracování a analýza HTS dat
Petr Daněček, Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, UK
přílohy: abstrakt , prezentace
16:40 Assembly komplexních genomů
Jan Pačes, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i., Praha
přílohy: abstrakt , prezentace
17:00 Globální pohled na výstupy z 454 pyrosekvenací a jejich problémy
Martin Mokrejš, Martin Mokrejš, Staré Město pod Sněžníkem
přílohy: abstrakt
17:20 Vliv sekvenační délky na rekonstrukci transkriptomu s využítím RNA-Seq
Jan Oppelt, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno
přílohy: abstrakt
17:40 RepeatExplorer: Analýza repetitivních sekvencí na Galaxy serveru
Petr Novák, Biologické centrum AV ČR, v. v. i. , České Budějovice
přílohy: abstrakt , prezentace

Raut, 19:00 - donevidim

Grilované pochoutky: losos, vepřové koleno, hermelín, zelenina
Na čepu: Bernard 11, Plzeň 12, Kofola
Víno: Habánské sklepy jakostní či přívlastkové

úterý, 10. červen

Představení vědeckých skupin

Chairman: Jan Holub, Fakulta informačních technologií, ČVUT, Praha

09:00 Bioinformatická analýza mitochondriálnych genómov kvasiniek
Bronislava Brejová, KI FMFI UK, Bratislava
přílohy: abstrakt , prezentace
09:20 Od sekvencí k chromozómům: výzkum repetitivní DNA rostlin v Laboratoři molekulární cytogenetiky BC AVČR
Jiří Macas, Biologické centrum AV ČR, České Budějovice
přílohy: abstrakt , prezentace
09:40 Bioinformatický a chemoinformatický výzkum v Loschmidtových laboratořích
Jan Brezovský, Přírodovědecká fakulta, Masarykova universita, Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
10:00 Hľadanie genómov RNA vírusov po sekvenovaní celkovej RNA tkanív hlodavca
Tomáš Szemes, Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského, Bratislava 4
přílohy: abstrakt , prezentace

Coffee break, 10:20 - 11:00

Metody

Chairman: Broňa Brejová, Katedra informatiky, Fakulta matematiky, fyziky a informatiky, Univerzity Komenského, Bratislava, Slovensko

11:00 Klasifikační metody pro genetická data: regularizace a robustnost
Jan Kalina, Jan Kalina, Praha 6
přílohy: abstrakt , prezentace
11:20 Autoindex nad DNA sekvencemi
Jan Holub, České vysoké učení technické v Praze, FIT, Praha
přílohy: abstrakt , prezentace
11:40 Duální selekce genetických obvodů v bakteriích
Petr Sosík, Slezská univerzita v Opavě, Opava
přílohy: abstrakt , prezentace
12:00 Metody kombinování shlukovacích algoritmů
Tomáš Bartoň, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Praha
přílohy: abstrakt , prezentace

Oběd, 12:20 - 14:00

Vývar s celestýnskými nudlemi
1. Vepřová kýta na paprice, rýže
2. Pstruh, brambor
3. Smažený květák, vařené brambory

Chemoinformatika

Chairman: Radka Svobodová Vařeková, CEITEC, Masarykova univerzita, Brno

14:00 ChemGenDB – integrovaná platforma pro sběr a analýzu chemických sloučenin a HTS dat
Jindřich Jindřich, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Praha 4
přílohy: abstrakt , prezentace
14:20 Nová metoda pro generování 2D farmakoforového modelu
David Hoksza, Univerzita Karlova v Praze, Praha
přílohy: abstrakt , prezentace
14:40 Jaký vliv na přesnost QSPR modelů má metodika přípravy 3D struktury? Případová studie pro predikci pKa.
Stanislav Geidl, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
15:00 Radosti a strasti dokování
Karel Berka, Univerzita Palackého v Olomouci, Olomouc
přílohy: abstrakt , prezentace
15:20 Konzistence křížových odkazů v databázích malých molekul
Jakub Galgonek, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i., Praha 6
přílohy: abstrakt , prezentace

Coffee break, 15:40 - 16:40

Struktury

Chairman: Jiří Vondrášek, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, Praha

16:40 Vyhledávání, porovnávání, validace a charakterizace strukturních motivů v rámci biomakromolekul
Radka Svobodová Vařeková, CEITEC, Masarykova univerzita, Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
17:00 Dolce: Databáze lokálních konformací DNA
Petr Čech, VŠCHT Praha, Praha
přílohy: abstrakt , prezentace
17:20 MOLE: Pokročilý nástroj pro vyhledávání a charakterizaci tunelů
Lukáš Pravda, Přírodovědecká fakula MU, Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
17:40 Vývoj nových metod a nástrojů pro metadynamické simulace
Petr Hošek, Vysoká škola chemicko-technologická, Praha
přílohy: abstrakt , prezentace , aplikace
18:00 Simulace oscilační molekulární dynamiky allosterických proteinů v programu GROMACS
Leona Šerá, VŠCHT Praha, Praha
přílohy: abstrakt , prezentace

Poster session, 19:30 - donevidim

Pohoštění na mísách: řízečky, sýry, salámy, zelenina, saláty, dezerty
Na čepu: Bernard 11, Plzeň 12, Kofola
Víno: Habánské sklepy jakostní či přívlastkové

Tři nejlepší postery budou po zásluze odměněny. Poster session je sponzorována Středoevropským technologickým institutem Ceitec.

středa, 11. červen

Sekvence - proteiny

Chairman: Natália Martínková, Ústav biologie obratlovců AV ČR, Brno

09:00 PredictSNP: prediktor vlivu mutací na funkci proteinů
Jaroslav Bendl, Fakulta Informačních Technologií, Vysoké Učení Technické v Brně, Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
09:20 Systém pre identifikáciu mutácií v proteomických dátach
Miroslav Hruška, Univerzita Palackého v Olomouci, Olomouc
přílohy: abstrakt , prezentace
09:40 
Bioinformatická analýza náhodných proteinových sekvencí
Jiří Vymětal, Ústav Organické Chemie a Biochemie AV ČR, Praha 6
přílohy: abstrakt , prezentace

Coffee break, 10:00 - 11:00

Aplikace

Chairman: Martin Mokrejš, Bioinformatics.cz, Praha

11:00 Horizontální přenos genů v komplexní struktuře genomických signatur
Natália Martínková, Ústav biologie obratlovců AV ČR, v.v.i., Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
11:20 Využití signálového zpracování ve fylogenetice a fylogenomice
Karel Sedlář, Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií , Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
11:40 Lokalizace potenciálních G4-kvadruplexů v eukaryotických genomech
Tomáš Martínek, Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií, Brno
přílohy: abstrakt , prezentace
12:00 Využití genomických metod pro studium transkripčních faktorů u modelové kvasinky Schizosaccharomyces pombe
Martin Převorovský, Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta, Praha 2
přílohy: abstrakt , prezentace
12:20 Bioinformatika v environmentální mikrobiologii
Ondřej Uhlík, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Praha
přílohy: abstrakt , prezentace

Zakončení
12:40 Vyhlášení vítězů o nejlepší postery
Michal Kolář, Ústav molekulární genetiky AV ČR

Závěrečné slovo
Petr Bartůněk, CZ-OPENSCREEN
Daniel Svozil, VŠCHT Praha a CZ-OPENSCREEN

Oběd, 12:50

Hrachová polévka se smaženým chlebem
1. Grilované kuřecí prso s glazírovanou baby karotkou, brambory
2. Hovězí guláš, knedlík
3. Zapečená cuketa v rajčatové omáčce s mozarellou sypaná parmazánem